生物信息学中的生物学、分子生物学

生物信息学中的生物学、分子生物学

生物信息学中的生物学分子生物学8/15/20211\n内容生物信息学中的生物学、分子生物学基础基因工程和核酸研究技术简介8/15/20212\n生物信息学中的生物学、分子生物学基础知识8/15/20213\n地球上的生命史120亿年前：第一次大爆炸，宇宙产生50亿年前：太阳系诞生40亿年前：海洋里出现了类似藻类的原始生物30亿年前：出现原核细胞生物7亿年前：演化出各种多细胞生物，无脊椎动物8/15/20214\n5亿年前：寒武纪大爆发，海洋中出现大量物种，大气中氧含量剧增4亿年前：至留纪大爆发，O2↑,生命进入陆地350万年前：古脊椎动物中出现猩猩科和人科50万年前：直立人出现，“北京猿人”3.5万年前：早期智人出现2万年前：早期人类出现，“山顶洞人”8/15/20215\n生物的分类生物分类体系：界（Kingdom）门（Phyla）纲（Class)目（Order）科（Family）属（Genus）种（Species）8/15/20216\n原核生物（Prokaryote）：古细菌（Archaea）真细菌（Eubacteria)真核生物（Eurokaryote）生物的进化和亲缘关系：遗传密码统一性基本生物化学过程一致性共同祖先演化而来8/15/20217\nEubacteriaArchaeaEucarya8/15/20218\n噬菌体病毒大肠杆菌酿酒酵母秀丽线虫果蝇模式生物拟南芥水稻非洲爪蛙斑马鱼家鼠人8/15/20219\n糖：单糖、双糖、多糖作用：储存能量、结构材料、分子识别脂肪酸：储存能量、参与代谢核苷酸和核酸：A、C、G、T→DNA、RNA氨基酸→蛋白质构成生物的四类分子8/15/202110\nDNA复制DNA聚合酶→DNA单链5’→3’复制mRNA转录：mRNA前体→剪接蛋白质翻译mRNA反转录→cDNA蛋白质折叠分子生物学的中心法则8/15/202111\n中心法则DNADNADNAcDNA结构蛋白质/酶mRNA转录翻译折叠相互利用复制转录表现型基因型8/15/202112\n基因工程和核酸研究技术简介8/15/202113\n限制性内切酶（RestrictionEndonuclease）限制性内切酶+甲基化酶载体：质粒、噬菌体、酵母分子克隆：聚合酶链反应（PCR）超速离心凝胶电泳印迹法DNA测序方法8/15/202114\n阿尔伯WemerArber瑞士生物学家巴塞尔Biozentrum大学1929～内森斯DanienNathans美国微生物学家霍普金斯大学医学院1931～史密斯HamiltonO．Smith美国微生物学家霍普金斯大学医学院1931～限制性核酸内切酶的发现者8/15/202115\n凝胶电泳琼脂糖电泳聚丙烯胺凝胶电泳脉冲场电泳梯度电泳（DGGE/TGGE）二维凝胶电泳：蛋白质电泳8/15/202116\n16SrRNAgenePCR16S-23SrRNAgenePCRM12345678910118/15/202117\n聚丙烯胺凝胶电泳8/15/202118\n分离大分子DNA的方法。脉冲场凝胶电泳（PFGE，PulsedFieldGelElectrophoresis）8/15/202119\n123456789变性梯度电泳DGGE温度梯度电泳TGGE8/15/202120\n二维凝胶电泳二维聚丙烯酰胺凝胶电泳技术结合了等电聚焦技术（根据蛋白质等电点进行分离）以及SDS－聚丙烯酰胺凝胶电泳技术（根据蛋白质的大小进行分离）。这两项技术结合形成的二维电泳是分离分析蛋白质最有效的一种电泳手段。8/15/202121\n印迹法凝胶→硝酸纤维膜→DNA探针(32P)DNA印迹法(SouthernBlotting)RNA印迹法(NorthernBlotting)蛋白质印迹法(WesternBlotting)8/15/202122\nSouthern印迹杂交（Southernblot）是1975年由英国人southern创建，是研究DNA图谱的基本技术，在遗传病诊断、DNA图谱分析及PCR产物分析等方面有重要价值。SouthernBlotting8/15/202123\nNorthernBlotting1979年，J.C.Alwine等提出：将电泳凝胶中的RNA转移到叠氮化的或其他化学修饰的活性滤纸上，通过共价交联作用使它们结合，因其方法同Southern杂交十分相似，故称之为Northern杂交。8/15/202124\nWesternBlotting与Southern或Northern杂交方法类似，但WesternBlot采用的是聚丙烯酰胺凝胶电泳，被检测物是蛋白质，“探针”是抗体，“显色”用标记的二抗。经过PAGE分离的蛋白质样品，转移到固相载体（例如硝酸纤维素薄膜）上，固相载体以非共价键形式吸附蛋白质，且能保持电泳分离的多肽类型及其生物学活性不变。以固相载体上的蛋白质或多肽作为抗原，与对应的抗体起免疫反应，再与酶或同位素标记的第二抗体起反应，经过底物显色或放射自显影以检测电泳分离的特异性目的基因表达的蛋白成分。该技术也广泛应用于检测蛋白水平的表达。8/15/202125\nDNA测序方法末端终止(Sanger)法：dNTP→ddNTP化学降解(Maxam-Gilbert)法：焦磷酸测序技术(pyrosequencing)：8/15/202126\n是由4种酶催化的同一反应体系中的酶级联化学发光反应焦磷酸测序技术。其原理是:引物与模板DNA退火后在DNA聚合酶(DNApolymerase)ATP硫酸化酶(ATPsulfurylase)荧光素酶(luciferase)和三磷酸腺苷双磷酸酶(Apyrase)4种酶的协同作用下将引物上每一个dNTP的聚合与一次荧光信号的释放偶联起来通过检测荧光的释放和强度达到实时测定DNA序列的目的。焦磷酸测序技术(pyrosequencing)：8/15/202127\n焦磷酸测序技术的反应体系：反应底物、待测单链、测序引物和4种酶。反应底物:5’-磷酰硫酸(adenosine-5’-phosphosulfat，APS)、荧光素(Luciferin)。8/15/202128\n如果发生碱基配对，就会释放一个焦磷酸。这个焦磷酸在ATP硫酸化酶和萤光素酶的作用下，经过一个合成反应和一个化学发光反应，最终将萤光素氧化成氧化萤光素，同时释放出光信号。此反应释放出的光信号实时被仪器配置的高灵敏度CCD（Charge-coupledDevice）捕获到。有一个碱基和测序模板进行配对，就会捕获到一分子的光信号；由此一一对应，就可以准确、快速地确定待测模板的碱基序列。8/15/202129\n8/15/202130\nGSFLXTitanium系统摒弃了传统的细菌克隆与挑选，将DNA打断成随机片段，并寻找到乳液PCR这种方法来克隆每个片段。（将DNA放入油包水的乳液中，这样就省去了反应管，并利用表面活性剂来维持乳液的热稳定性。）一个片段=一个磁珠=一条读长Onefragment=Onebead=Oneread454GSFLX测序仪8/15/202131\n8/15/202132\n8/15/202133\n谢谢！8/15/202134